La Città Metropolitana di Cagliari possiede un territorio con caratteristiche di naturalità molto elevata, che ricomprende diverse tipologie di aree protette:

• Parchi naturali regionali che rispondono alle caratteristiche previste dalla legge 394/1991;
• Zone Umide e stagni: Laguna di Santa Gilla, Stagno di Molentargius, Laguna di Nora, ambienti che conservano la biodiversità, e ospitano numerose specie animali e vegetali. Tra queste aree figurano le zone Ramsar, individuate dalla Convenzione omonima (Stagno di Molentargius e Stagno di Cagliari);
• Siti Rete Natura 2000 ( Zone di protezione Speciale – ZPS e Zone di Conservazione speciale – ZSC), finalizzate al mantenimento e ripristino degli habitat naturali e di specie individuate dalle Direttive comunitarie 92/43/CEE ”Habitat” e 79/409/Cee “Uccelli” nonché al mantenimento della biodiversità dell’Unione Europea;
• Istituti di Protezione Faunistica (Oasi Permanenti  di Protezione Faunistica  e di Cattura- OPFC e Zone temporanee di ripopolamento e cattura – ZTRC) di competenza della Città Metropolitana, finalizzate alla conservazione dei luoghi di sosta, di riproduzione e di salvaguardia e tutela della fauna selvatica.

In tema di aree protette la Città metropolitana elabora, in collaborazione con i Comuni competenti per territorio, i Piani di gestione dei Siti Rete Natura 2000 e degli Istituti di protezione, a tutela e conservazione della Biodiversità.